Khoa Sinh học - CNSH đã nhận Bằng khen Chính phủ (2006), Cờ Bộ GD&ĐT (2007), Cờ Chính phủ (2009), Huân chương lao động hạng 3 (2006).

Chươ​ng trình Cử nhân ngành Sinh học được kiểm định đạt tiêu chuẩn AUN-QA của Đông Nam Á vào năm 2017. 

Cán bộ, sinh viên và các đơn vị trong Khoa đã nhận được nhiều giải thưởng và học bổng khác nhau trong và ngoài nước:

• Học bổng L’Oreal – UNESCO vì sự phát triển của phụ nữ trong khoa học
• VentureCup-MV của bang Mecklenburg – Vorpommern, CHLB Đức
• Học bổng của Quỹ Đào tạo nhân tài nước Việt
• Giải thưởng của United Nations Development Programme (UNDP) về bảo tồn tài nguyên thiên nhiên
• Giải thưởng nghiên cứu khoa học cấp Đại học Quốc gia và Thành Đoàn TPHCM
• Giảng thưởng Hội thi sáng tạo Khoa học kỹ thuật TPHCM
• ...